ACK CYFRONET AGH
AGH


2010-03-21
Migracja serwera Kinga... Więcej » 
2010-03-17
Profesor Michał Turała w europejskim komitecie EGI-EB... Więcej » 
2010-01-20
Konkurs na pracę doktorską... Więcej » 
GAUSSIAN 03, GAUSSIAN 09


Gaussian jest systemem przeznaczonym do obliczeń orbitali molekularnych przy użyciu metod półempirycznych i ab initio.
Gaussian służy do określania wielu własnosci molekuł i reakcji, włączając w to:

  • energię i strukturę molekularną
  • energię i strukturę stanów przejsciowych
  • częstotliwość drgań
  • widma IR i Ramana
  • własności termochemiczne
  • energię wiązań i reakcji
  • orbitale molekularne
  • ładunki atomowe
  • momenty multipolowe
  • osłanianie NMR i wrażliwość magnetyczną
  • powinowactwo elektronowe i potencjały jonizacyjne
  • polaryzowalność i hyperpolaryzowalność
  • potencjały elektrostatyczne i gęstość elektronową

Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym.

Gaussian jest potężnym narzędziem do analizy wpływu podstawników, badania mechanizmów reakcji, obliczeń powierzchni energii potecjalnej i energii wzbudzenia.

Aktualnie w Cyfronecie została zainstalowana nowa wersja pakietu Gaussian - g09.
System Gaussian 09 jest dostępny na komputerze dużej mocy SGI ALTIX (baribal) na klastrze IBM BladeCenter HS31 (mars) .

Poprzednia wersja systemu - Gaussian 03 jest zainstalowana na komputerach dużej mocy:

  • SGI ALTIX (baribal)
  • IBM BladeCenter HS31 (mars)
  • SGI ALTIX 4700 (panda)

Szereg przykładowych plików danych, dostępny jest w katalogu:

na komputerze baribal - /opt/gaussian03/g03/tests/com

UWAGA! Aby móc korzystać z Gaussiana 03 lub z Gaussiana 09 trzeba być wpisanym do grupy g03. W tym celu należy się skontaktować z administratorem oprogramowania.

Administrator oprogramowania GAUSSIAN: Maria.Wielgus tel. 632-33-55 wew.308

Sposób użycia Gaussiana 09 (na komputerze baribal):

1. jeżeli pracujemy w shellu tcsh, to należy wykona ć następujące polecenia:

setenv g09root /opt/gaussian09
source $g09root/g09/bsd/g09.login

2. jeżeli pracujemy w shellu bash (shell defaultowy), to należy wykonać następujące polecenia:

g09root=/opt/gaussian09
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

W obu shellach Gaussian wywolywany jest komenda:

g09 plik-wejsciowy

gdzie plik-wejsciowy jest nazwa pliku z danymi z rozszerzeniem .com

Sposób użycia Gaussiana 03 (na komputerze baribal):

1. jeżeli pracujemy w shellu tcsh, to należy wykonać następujące polecenia:

setenv g03root /opt/gaussian03
source $g03root/g03/bsd/g03.login

2. jeżeli pracujemy w shellu bash (shell defaultowy), to należy wykonać następujące polecenia:

g03root=/opt/gaussian03
export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile

W obu shellach Gaussian wywoływany jest komendą:

g03 plik-wejsciowy

gdzie plik-wejsciowy jest nazwą pliku z danymi z rozszerzeniem .com

np.:

Komenda

g03 woda.com

lub

g03 woda

powoduje przeczytanie danych z pliku woda.com i rozpoczęcie obliczeń, wyniki zapisywane są na pliku woda.log

Przy dłuższych obliczeniach należy zadanie umieścić w kolejce.

W trakcie wykonania zadania sa tworzone pliki robocze o nazwach Gau-nr_zadania z różnymi rozszerzeniami, które zwykle po pomyślnym zakończeniu zadania są usuwane.
Są to pliki zawierające:
- punkty kontrolne programu (Checkpoint) - plik z rozszerzeniem .chk
- dane wejściowe i wyniki - plik z rozszerzeniem .rwf
- wyniki z obliczeń całek i pochodnych - pliki z rozszerzeniem .int i .d2e .

Pliki te są dosyć obszerne i mogą się nie mieścić w katalogu użytkownika, co może być przyczyną przerwania obliczeń. Dlatego też zalecane jest wskazanie katalogu np. /scratch dla plików roboczych.

Katalog roboczy można określić definiując zmienną systemową GAUSS_SCRDIR np. przy pomocy komendy setenv :

setenv GAUSS_SCRDIR /scratch

gdzie /scratch jest katalogiem przeznaczonym do zapisu plików roboczych.


Dokumentacja:

  • Podręczniki komputerowe:
    1. interakcyjny program help wywoływany komendą:

      ghelp

    2. Gaussian 03 Online Manual

  • Podręczniki tradycyjne:
    1. Michael J. Frisch, Æleen Frisch, Gary W. Trucks
      Gaussian 03 User's Reference,
      Manual Version 7.0, March 2003
      Gaussian, Inc.

    2. Michael J. Frisch, Alice B. Nielsen
      Gaussian 03 Programer's Reference,
      Manual Version: 7.0, March 2003
      Gaussian, Inc.


Maria.Wielgus@cyfronet.krakow.pl