ACK CYFRONET AGH
AGH


2010-03-21
Migracja serwera Kinga... Więcej » 
2010-03-17
Profesor Michał Turała w europejskim komitecie EGI-EB... Więcej » 
2010-01-20
Konkurs na pracę doktorską... Więcej » 
TURBOMOLE

Turbomole jest uniwersalnym pakietem do obliczeń w ramach teorii funkcjonałów gęstości i sprzężonych klasterów. Do najważniejszych zalet programu należy zaliczyć możliwość optymalizacji geometrii stanów wzbudzonych cząsteczek.
Warto podkreślić, że z dostępnych na rynku programów, Turbomole jest jednym z najszybszych jeśli chodzi o obliczenia z wykorzystaniem popularnego funkcjonału B3LYP.
Uwaga - standardowy B3LYP oparty jest o SVWN5, a nie o SVWN3 jak to ma miejsce w programie Gaussian, jednakże obie wersje są dostępne do obliczeń.

Pakiet Turbomole jest zainstalowany na komputerach:

  • SGI Altix 3700 - baribal i panda w katalogu /opt/TURBOMOLE.
  • IBM BladeCenter - mars w katalogu /opt1/turbomole


Sposób użycia (na komputerach baribal i panda):

  • Jeżeli pracujemy korzystając z powłoki sh, ksh, bash (powłoka defaultowa), to do pliku .bashrc lub .bash_profile należy wpisać poniższe intrukcje:

    export TURBODIR=/opt/TURBOMOLE
    export TURBOARCH=ia64-altix-linux-gnu
    export PATH=$PATH:$TURBODIR/bin/$TURBOARCH:$TURBODIR/scripts

  • Jeżeli pracujemy korzystając z powłoki csh lub tcsh to do pliku .cshrc należy wpisać poniższe intrukcje:

    setenv TURBODIR /opt/TURBOMOLE
    setenv TURBOARCH ia64-altix-linux-gnu
    setenv PATH ${PATH}:${TURBODIR}/bin/${TURBOARCH}:${TURBODIR}/scripts

Zadania z pakietem Turbomole powinny być umieszczane w kolejce systemu PBS. W katalogu /opt/TURBOMOLE znajdują się przykładowe skrypty dla systemu kolejkowego PBS: serial.pbs i parallel.pbs.
Niektóre programy Turbomole'a mogą być wykonywane równolegle. Szczegóły zawarte są w dokumentacji. Wtedy należy ustawić zmienną PARNODES w skrypcie parallel.pbs. Brak ustawienia tej zmiennej spowoduje, że program uruchomi się na jednym procesorze natomiast PBS będzie blokował niepotrzebnie zasoby.


Dokumentacja:

  • informacje na stronie:
    www.turbomole.de
  • na baribalu w katalogu:
    /opt/TURBOMOLE/DOC


Maria.Wielgus@cyfronet.krakow.pl